org.w3c.dom.Documentで実体参照を持ったXMLを扱う場合

実体参照は独自のノードっぽい

Node.ENTITY_REFERENCE_NODEっていうノードらしいです。
Node#getNodeName()で「#0000」みたいな数値が取得出来るので、#を抜いた数値部分をintに変換しcharにキャストすると、文字を得る事が可能っぽい

String nodeName = "0000";//getNodeNameから#を抜いた文字列を作る
int charCode = Integer.parseInt(nodeName);
char c = (char)charCode;//まさかのintからcharへのキャスト